中科信軟GROMACS分子動(dòng)力學(xué)仿真培訓(xùn)課程，GROMACS分子動(dòng)力學(xué)
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培訓(xùn)大綱
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主題 |
培訓(xùn)內(nèi)容 |
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1. 1 分子模擬入門理論——對(duì)分子動(dòng)力學(xué)模擬原理游刃有余 2. 1.1 基本假設(shè) 3. 1.2 主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法 4. 1.3 積分步長(zhǎng)的選取 5. 1.4 溫度和壓力控制 6. 1.5 周期性邊界條件 7. 1.6 分子動(dòng)力學(xué)模擬流程 |
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1. 2 GROMACS入門操作基礎(chǔ) 2. 2.1 Linux命令入門基礎(chǔ)——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令 3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學(xué)會(huì)編譯方法，針對(duì)自己體系編譯軟件 4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數(shù)介紹 5. 2.4 GROMACS力場(chǎng)介紹——深度探究力場(chǎng)具體形式，為以后創(chuàng)建自己體系做準(zhǔn)備OPLS為例，力場(chǎng)的各種參數(shù)說(shuō)明 6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學(xué)員具有扎實(shí)的技術(shù)基礎(chǔ) 7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用
8. 3.2 建立各種體系模型 9. 3.3 小分子各種力場(chǎng)TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的結(jié)構(gòu)以及參數(shù)說(shuō)明 10. 3.4 建立均相、多相體系 11. 3.5 如何修改力場(chǎng)參數(shù) |
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